Charakterizace repetitivní DNA v komplexních genomech vybraných druhů rostlin

Repetitivní (opakující se) DNA tvoří většinu jaderné DNA vyšších rostlin. Výzkum jejího složení, uspořádání v genomu a mechanizmů evoluce je nutný jak pro pochopení základních procesů evoluce a funkce genomů rostlin, tak pro případné cílené manipulace genomů agronomicky významných druhů. V naší laboratoři byla v předchozím roce vyvinuta řada nových bioinformatických nástrojů pro analýzu repetitivní DNA z dat získaných novými metodami sekevenování (next-generation sequencing), a tyto počítačové programy byly letos využity pro studium repetic v genomech tří modelových nebo agronomicky významných druhů: dvoudomé rostliny Silene latifolia, tabáku (Nicotiana tabacum) a bramboru (Solanum tuberosum). Výsledky těchto analýz umožnily detailní poznání repetitivní DNA u studovaných druhů a přispěly k objasňování role repetic v evolučních procesech zahrnujících diferenciaci pohlavních chromozómů nebo polyploidii.

• Macas Jiří, Kejnovský E., Neumann Pavel, Novák Petr, Koblížková Andrea, Vyskot B.:Next Generation Sequencing-Based Analysis of Repetitive DNA in the Model Dioceous Plant Silene latifolia. PLoS ONE 6(11): e27335, 2011 [IF = 4.092].-> Abstrakt / Celý článek online
• Renny-Byfield S., Chester M., Kovarik A., Le Comber S.C., Grandbastien M.A., Deloger M., Nichols R., Macas Jiří, Novák Petr, Chase M.W., Leitch A.R.:Next generation sequencing reveals genome downsizing in allopolyploid Nicotiana tabacum, predominantly through the elimination of paternally derived repetitive DNAs. Molecular Biology and Evolution 28(10): 2843-2854, 2011 [IF = 5.55].-> Abstrakt / Celý článek online
• Torres G.A., Gong Z., Iovene M., Hirsch C.D., Buell C.R., Bryan G.J., Novák Petr, Macas Jiří, Jiang J.:Organization and evolution of subtelomeric satellite repeats in the potato genome. G3: Genes, Genomes, Genetics 1(2): 85-92, 2011 .-> Abstrakt / Celý článek online